По решению ООН Беэр-Шева отходила арабскому государству (южная оконечность центральной части). В начале Войны за независимость в ней базировались нерегулярные арабские подразделения. В мае 1948 года в город вошли египтяне, а 21 октября Беэр-Шева была взята израильской армией.
После войны в городе селили демобилизованных солдат (население в конце 1949 года — 200 человек); в феврале 1950 года был учреждён городской муниципалитет и в Беэр-Шеву стали направлять новых репатриантов. В результате политики рассредоточения населения страны, город стремительно рос- с 8300 человек в 1950 до 20500 в 1955 и 65200 в 1965 году. В 70-ые годы рост населения затормозился и даже наблюдался отрицательный баланс, но в 90-ые годы, во время Большой алии, развитие возобновилось и в городе поселилось около 35000 новых репатриантов.
Городское планирование Беэр-Шевы всегда характеризовалось многочисленными ошибками и пренебрежением реальной ситуацией: турки решили построить в пустыне город по римско-европейской модели, проигнорировав ландшафт и речное русло; первые израильские архитекторы города собирались создать город-сад, разделённый на концентрические замкнутые районы (Алеф, Бет, Гимель), в результате чего на окружающих холмах были построены районы, совершенно оторванные друг от друга, сообщение между которыми заметно страдало во время зимних дождей. Позже власти поняли, что допустили ошибку, и стали стягивать всю деловую и прочую активность в нынешний городской центр.